พระเทพคุณาธาร (ผล ชินปุตโต) มรณภาพด้วยภาวะแพ้อากาศและหอบเหนื่อยที่โรงพยาบาลสงฆ์ เมื่อวันที่ 7 ตุลาคม พ.ศ. 2512 เวลา 06:20 นาฬิกา รวมอายุได้ 68 ปี วันที่ 8 ตุลาคม พ.ศ. 2512 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ทรงพระกรุณาโปรดพระราชทานน้ำหลวงสรงศพท่านเจ้าคุณพระเทพคุณาธาร และ วันที่ 21 มีนาคม พ.ศ. 2514 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ทรงพระกรุณาโปรดพระราชทานเพลิงศพ ท่านเจ้าคุณพระเทพคุณาธาร โดยท่านเจ้าประคุณสมเด็จพระวันรัต วัดพระเชตุพนฯ ในฐานะประธานสหภูมิสุพรรณและองค์อุปถัมภ์สมาคมสุพรรณ พระนคร ได้โปรดเมตตาให้คณะสหภูมิสุพรรณและองค์อุปถัมภ์สมาคมสุพรรณ พระนคร เป็นเจ้าภาพบำเพ็ญกุศลทั้งหมดในวันพระราชทานเพลิงศพ